Possui um papel essencial no programa de controle de infecções hospitalares, na medida em que fornece os resultados de cultura e teste de sensibilidade aos antimicrobianos que otimizam o tratamento e fornecem dados sobre o perfil da microbiota hospitalar, ou seja, quais os microrganismos mais frequentes na instituição e o seu perfil de sensibilidade e resistência frente aos antimicrobianos.
Além disso, o laboratório de microbiologia auxilia o controle de infecção na vigilância de microrganismos resistentes e no uso da biologia molecular na investigação de surtos.
A vigilância epidemiológica possui papel fundamental para o controle de infecções, porque é através dela que são fornecidos dados importantes para o programa de controle de infecção hospitalar.
É importante avaliar se as medidas implantadas para o controle de infecções hospitalares estão surtindo o resultado esperado.
Caso não esteja é necessária uma avaliação para melhorias, muitas vezes com a implantação de outras estratégias para que se obtenha o resultado esperado.
Essa monitoração deve ser realizada constantemente para garantir que as medidas implantadas para o controle de infecção hospitalar estão sendo eficazes.
Este é um exemplo de como pode ser feita a avaliação das fichas de antimicrobianos restritos na instituição. Lembrando que a escolha dos antimicrobianos que terão uso restrito depende dos vários fatores já citados anteriormente.