Figura 26: esquema de funcionamento de um fluxo laminar vertical com exaustão externa (utilizado em quimioterapia)
Fonte: http://www.filterflux.com.br/produtos/capflv.html
A interrupção do fluxo de ar pode interferir na efetividade da cabine. Contaminações podem ocorrer quando existirem objetos entre o filtro HEPA e a superfície do produto estéril que está sendo manipulado, criando assim um espaço morto.
Contaminação cruzada pode ocorrer devido a movimentos bruscos do manipulador na cabine.
Contaminação pode ser causada também pela turbulência criada quando se coloca objetos dentro da cabine, por tosse e espirro do manipulador. Deve ser sempre lembrado que a cabine não produz esterilização, mas simplesmente previne a contaminação de produtos que já são estéreis.